22 年前
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200年前，超元世界的人类和来自其他世界的怪兽发生了战争。为了对抗强大的怪兽，人类发明了超元卡装置，将怪兽封印在超元卡中，结束了战争。
主人公云天曾是一位热爱超元卡比赛的少年，但是体质特殊的他无法控制好超元卡中的怪兽能量。
一天，他意外从爸爸发掘的古遗迹中获得了一个神奇的卡盒。
云天决定前往寻找4张传说超元卡，希望用向超元卡许愿的方式找回哥哥。就这样，云天告别了父母，踏上旅程。。一个装备着高度保安设施的高科技实验室在一次科研调查项目中发生事故，代号为“17”的克隆兽逃出实验室，跑进湖里并很快就长成一只巨大的食人魔兽。整个湖泊笼罩在死亡的阴影中。生物实验专家马克意识到了这巨大危险，建议必须立即将克隆兽消灭。卡帕尔博士却认为这正是给克隆兽做实地实验的及好机会，一场正义与贪婪的战争拉开序.....。