19 年前
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钟国强（方中信饰）早年经营装修设计公司，也是名工程师江承宇（钟景辉饰）的高徒。因为工作上的挫折，钟国强的斗志顿时下挫，与相恋多年的女友慧仪（伍咏薇饰）过着平淡入水的生活。 多年后国强再次回到承宇的公司，认识了同事阿da（杨怡饰）。阿da知道国强是个有能之人，一直极力鼓励国强再次崛起。两人在工作上的合作，让阿da渐渐喜欢上了国强，但面对与阿da同是朋友的慧仪，da只好默默把自己的感情收藏起来。没想到钟国强即将与慧仪结婚前跟da发生了关系，深感内疚的国强想跟da表露心迹，竟让慧仪得知了真相。慧仪竟错手撞伤了阿da，使阿da昏迷。 国强承蒙承宇的赏识，受到了公司另一名杰出工程师Brain（陈国邦饰）的眼红，多次出手陷害国强。 面对感情的瓜葛，事业的纠纷，国强会将如何面对？。某年的圣诞夜，大批民众聚集到某栋大厦门外，抗议国家与库赞共和国的纯净水合作计划。与此同时，交通网络以及相关电子系统遭到入侵而全面失灵，随后更有维持治安的警察掏枪射击抗议民众。值此危急时刻，公安九课少校的草薙素子（坂本真绫 配音）率领队员巴特（松田健一郎 配音）、陀古萨（新垣樽助 配音）等人迅速展开行动，与恐怖分子和黑客展开连番恶斗。这支个性满满且身怀绝技的机动部队，还要追溯到2027年6月的某天。时任陆军机密部队501机关中佐的真室在街头被人杀害，公安9课课长荒卷大辅（塾一久 配音）在墓地与生化人草薙素子首次邂逅。后者接受荒卷的委托追查真相，在这一过程中和巴特等人邂逅。这正是一段传奇部队“攻壳机动队”成立前夕的故事……
本片根据士郎正宗的原作改编。。在名为“玩具屋”的非法地下组织中，每年都有大量的“生物体”被制造出来，这些生物体表面上和人类无异，却是没有思想和灵魂的“玩具娃娃”，他们被租赁给世界各地的黑道富豪，用以完成各种各样或是复杂或是危险的秘密任务。任务完成后的生物体会被送回玩具屋，消抹掉所有的记忆，重新变为“傀儡”状态。
性感美丽的艾科（艾丽莎·杜什库 Eliza Dushku 饰）就是这些“玩具娃娃”中的一员，与其他伙伴不同的是，偶然间，艾科竟然产生了自我，面对自己的处境和状态，艾科的心中充满了疑惑，这让玩具屋的高层感到十分不妙。与此同时，名为保罗（塔莫·潘尼凯 Tahmoh Penikett 饰）的联邦探员也盯上了艾科。。