24 年前
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穆德（David Duchovny 大卫•杜楚尼饰）被外星反叛者劫持，而斯科莉（Gillian Anderson 吉莲•安德森饰）亦同时发现自己怀有身孕。穆德的办公室被搜查，斯科莉请求Skinner（Mitch Pileggi 饰）帮助寻找搭档，孤枪侠也参与进来。FBI高层则派出探员约翰•多格特（Robert Patrick 罗伯特•帕特立克饰）协助调查，但两个人的初次会面不欢而散。 调查局发现穆德的单位密码和信用卡在失踪后的几天都有使用纪录，甚至发现了刻有穆德生卒年月的墓碑。多格特认为穆德假装失踪，以便盗取资料独自调查。案情愈加扑朔迷离……。故事的背景是公元前二百万年，恐龙的石器时代，某个小镇住着一群石器时代的原始人，但他们的意识却非常现代。聪明的弗雷德用石头、动物骨骼和毛皮制作出电话机、照像机甚至影印机。家庭厨房设备还有以猪提供动力的环保型垃圾处理装置。。这一次，瑞典情报官员卡尔·汉密尔顿（MIKAEL Persbrandt）面临的不是国家利益，而是自己的家庭。他的7岁干女儿纳塔莉被上集的恐怖分子报复性绑架。。