13 年前
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安妮和杰克的恋情并未走到最后，失落的安妮决意不再与特警恋爱，现任男友亚历克斯为爱情隐藏特警身份，但无奈还是暴露，于是携安妮前往加勒比海度假作为弥补。在他们的游轮上，潜藏着一名危险人物——设计轮船操作系统的工程师基格，基格身患绝症却遭到解雇，他为了报复公司掌控了轮船的自动航行系统，在船内装满炸弹，船长只得与乘客弃船，危机关头，亚历克斯挺身而出，与安妮返回船上救助被困的乘客。在游轮冲向毁灭终点的同时，安妮又落入了基格之手……。为了救神谷薰（武井咲 饰），绯村剑心（佐藤健 饰）纵身跃入大海，昏迷中他飘到某座小岛，最终为传授了他飞天御剑流的师父比古清十郎（福山雅治 饰）所救。深感到自身与志志雄真实（藤原龙也 饰）的巨大差距，为了拯救全日本，剑心恳请师傅传授他飞天御剑流的最高奥义。与此同时，志志雄剑指东京，迈出武力夺国的下一步。他强迫伊藤博文（小泽征悦 饰）对刽子手拔刀斋发布全国通缉令，得知消息的薰、左之助（青木崇高 饰）则匆匆向东京赶去。再度上路的剑心率先遭到御庭番众的首领四乃森苍紫（伊势谷友介 饰）的阻击，他一路披荆斩棘，将迎来与宿命的对手志志雄最终的对决……
本片根据和月伸宏的同名经典漫画改编。。