4 年前
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半年前的一连串遭遇，彻底改变了三年级小学生高町奈叶（田村由香里 配音）的人生，她以魔法少女的身份邂逅了可爱的小伙伴尤诺·斯克莱亚（水桥香织 饰），并通过连番激战与深锁着无数秘密和烦恼的菲特·泰斯特罗莎（水树奈奈 配音）成为莫逆好友。新学期开始，菲特以小学生的身份转入奈叶的班级，一切看似进入了平稳期。克就在某个毫无征兆的夜晚，奈叶和菲特遭到手持暗之书的维塔（真田麻美 配音）等三名违法渡行者的袭击，她们的魔导器也被破坏。
新的危机，新的对手，一切朝着不可预知的方向发展……。大山武（前野智昭 配音）即将进入天日学园就读，在这所由女子学校改制而来的综合学校中，由其喜爱女孩子胸部的大山感到如鱼得水。在天日学园里，除了每天要学习的文化课程外，同学们还要学习掌握运用“元素”的技巧，其中格外有天赋者，则能够获得试用“魔具”作为武器的特殊能力。
个性傲娇的青梅竹马天谷春恋（下屋则子 配音），率真坦诚的栉八稻穗（野水伊织 配音），桀骜跋扈的姬神木灵（矢作纱友里 配音），在繁忙又惊险的学习生活中，大山和这些可爱的女孩子们之间产生了坚实的友谊。而随着能力的逐渐提升，大山发现，他们似乎被卷入了一场声势浩大的战争之中。。蓝玲市正在面临空前危机。汉堡军团在城市街头四处作乱，破坏街道和建筑，让市民们苦不堪言，但迷你特工队却爆发了激烈的内部矛盾。这一切是由于队长福乐偶然成为了汉堡店的超级模特，难以兼顾迷你特工队的集体任务。小米与福乐为此爆发了激烈的争吵，福乐宣告退出迷你特工队，与伙伴们不欢而散。汉堡店的老板金先生更是从中作梗：“我认为好朋友之间，就应该互相鼓励支持。”在危机之际，福乐终于悔悟，重新加入战斗，迷你特工队得以再度集结并肩作战。联手击败汉堡怪物队长后，整起事件背后真正的幕后黑手也终于出现在迷你特工队面前……。