7 年前
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在风景秀丽，气候宜人的王冠市，即将举行神奇宝贝足篮世界杯比赛，届时，大批的观众和训练师会涌入此处，整个城市将会陷入一片欢乐的海洋之中。小智（松本梨香 配音）一行人正在前往王冠市的路上，旅途中，他们遇见了名为索罗亚的神秘神奇宝贝，它不仅能够幻化成人类的姿态，还能够通过心电感应和人类交流。
小智和索罗亚结伴前行，哪知道王冠市竟然发生了神奇宝贝暴动事件，雷公、炎帝和水君本是城市的守护神，却不知为何向市民们发起了进攻，城市之中一片混乱景象。这一切的始作俑者是名为克林克斯（阵内孝则 配音）的企业家，而他亦是索罗亚想要寻找的同伴。。因为母亲的事业，艾达不得不搬到另一个城镇，成为温特斯坦学校的“新女孩”。在新的班级里，艾达的日子并不好过，她很难交到朋友，只能默默地呆在羞涩内向的本尼旁边。一天，老师向孩子们介绍了一位特别的访客——莫蒂默（米兰·佩舍尔 Milan Peschel 饰），一个周游世界寻找“神奇动物”的人。每一种神奇动物都注定要成为孩子的灵魂伙伴，这让班上的孩子们兴奋不已。最终，转校生艾达和本尼成为班上最早拥有魔法伙伴的孩子：本尼得到了一只古老而聪明的海龟，而艾达则得到了狡猾机灵的狐狸。 然而，随着时间的推移，学校里发生了一系列神秘事件——许多物品不断消失，学校里似乎出现了一个超级小偷。艾达和本尼决定与他们的神奇伙伴一起，寻找真相，洗刷他们的嫌疑。他们深入调查，发现了隐藏在校园中的线索和秘密，渐渐揭开了超级小偷的谜团。在这个过程中，艾达和本尼不仅加深了彼此的友谊，也学会...。