20 年前
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在第二季中，那须田步（冈田饰）和九鬼静（中井饰）这对搭档，在“工作方式改革”的浪潮席卷下，降临到了越来越混乱的日本医疗界。除了医生的短缺，医生和护士的加班时间也受到很大的限制，在不断缩小的生命现场，挑战新的战斗。 步和静这次受雇于长期担任地区医疗核心的主干医院“西东京综合医院”。该院前院长的腐败被发现后，标榜“正确的医疗，正确的工作方式”的“干净年轻的有领袖魅力的新院长”，着手以工作方式改革为中心的组织变革，不断推进任务共享、勤务管理的彻底、医疗的可视化。但是这位新院长就是“本季最大的敌人”。不久，步&静与新院长对立起来。。曾经有一场被称作“厄祭战”的大型战争。那场战争终结后过了大约300年。
地球圈失去了至今为止的统治机构，在新的支配体系下，新世界被构筑起来。一时的和平到来，与此同时，远离地球的火星圈燃起了新战争的火种。
主人公——少年三日月·奥古斯，从所属的民间警备公司克律塞安保公司（下称CGS）那里，接受了打算让在地球势力统治下的火星都市独立的少女库德莉亚·蓝那·伯恩斯坦的护卫任务。但，CGS受到摘取反叛之芽的武力组织加拉尔霍恩的袭击，于是在把三日月这些孩子当做诱饵后撤退了。少年们的领袖，奥尔加·伊兹卡认为这是个机会，并决定对虐待自己的大人们掀起反旗。被奥尔加托付击退加拉尔霍恩的三日月，利用被当做CGS动力炉来使用的“厄祭战”时代的机动战士——高达·巴巴托斯，向敌军发起挑战。。