11 年前
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秋日温暖的傍晚，父亲带着女儿一起骑单车，他们穿过林间小路，骑过草地，骑上高坡，来到平静的湖边。
父亲抱抱女儿，登上了小船。女儿在湖边静静的等待，等到船在视线里变模糊，等到太阳就要落山。父亲迟迟不归，女儿一个人骑着小小的脚踏车回去了。从那以后女儿每天都来湖边等候，她一个人骑着单车来来返返，风雨无阻。多年过去，小女孩为人妇，为人母，转眼老去。
已然老去的她日日来到湖边，直到湖水干涸，化为滩涂。她来到沉睡在湖底的小船边，躺在小船里，就像躺在父亲暖暖的臂弯。。宝可梦是一种不可思议的生物，它们与我们共同生活在同一个星球上。宝可梦的生活习性各不相同，既有与人类共同生活的宝可梦，也有生活在草丛、天空、以及在水里的野生宝可梦。住在关都地区的皮丘原本形单影只，自从它遇见了袋兽母子，便与他们一起共同生活，并最终进化成了皮卡丘。
几年后，生活在真新镇的10岁少年小智与皮卡丘受到了大木博士的邀请，一同去参加枯叶市樱木研究所的落成典礼。典礼上，小智追逐着幻之宝可梦洛奇亚。并在此的过程中，遇到了小豪相遇。小智的目标是与最强王者丹帝对战，小豪的梦想则是收服所有宝可梦。二人以樱木研究所特别调查员的身份出发，在不同地区展开调查，邂逅了各种各样不可思议的宝可梦，还在旅途中收服了新的搭档。。