21 年前
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故事发生在第一部的四年之后，此时特警K已经退休，成为一名普通的邮局局长，而J则继续从事MIB的工作。
卡洛瑟星邪恶女王蛇莲娜来到地球需找宇宙能量“萨塔之星”，占领了MIB的总部。而当年逃亡到地球的萨塔公主萝娜曾请求MIB把“萨塔之星”藏在地球，全面负责这件事情的K为了地球的安全，拒绝了她。
面对来势汹汹的蛇莲娜，MIB派J去寻找k，调查当年事件的真相，怎样说服失去记忆的K相信外星人的存在，成了J面临的第一个难题……。被拐的基因科学家周昊男发明基因检测仪寻亲，生父周新民一家为其 3 亿专利费认亲，阻挠他与生母王美华相认。王美华忍辱做保姆，刘亚燕大闹认亲宴也无果。王美华绝症中捐骨髓救重病的周昊男后离世，真相大白，周昊男追悔，周新民一家受惩。。