9 年前
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火车站月台，一时疏忽的李化（李力 饰）怎么也想不到刚出差回来，就把装有秘密图纸的公文包丢失了，公安局丁局长（邢吉田 饰）闻听后，通知在医院养病的侦察员石云（田华 饰）出院领受任务。石云即刻着手调查，走访过程中，老中医古仲儒（刘季云 饰）纳入了侦察视线。石云的丈夫陈亮（王心刚 饰）是军区保卫干事，在上级的安排下，他主动结识了演奏家方莉（师伟 饰）。石云通过各方调查，发现厨师叶长谦（李壬林 饰）有重大嫌疑，被捕后的叶长谦百般抵赖，还想毁掉图纸，被石云当场识破。经分析发现古仲儒就是幕后操纵者，方莉就是他的同谋，在方莉谎称姐姐生病要前去深圳，中途要接个老中医为其看病时，收网的时机到了......。以成为神奇宝贝大师为目标，小智（松本梨香 配音）、小刚（うえだゆうじ 配音）和小霞（豊口めぐみ 配音）带着各自的神奇宝贝在世界各地进行艰苦的修业之旅，今天他们历经长途跋涉终于来到了风景秀美的米琪亚镇。在当地一对小兄妹的介绍下，小智一行前往神殿遗址游玩。谁知却遭遇了极其危险的情况。关键时刻，掌管时间的迪亚鲁加和守卫神殿的西娜（北乃きい 配音）、凯宾（岸祐二 配音）帮助了他们，能与神奇宝贝心灵沟通的西娜还熄灭了冥王龙的怒火。从西娜口中得知，创造了世界的神奇宝贝即将苏醒，它不仅会使时空扭曲错乱，还将为世界带来毁灭性的灾难……
本片为神奇宝贝系列第十二部电影剧场版。。
