17 年前
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美国人和俄罗斯人被困在一个受损的空间站上。救援人员从地球上被派遣，其中包括卡朋特和杰克·麦肯德里克。当宇航员试图返回地球时，他们发现重新进入地球的密码已经改变。当宇航员束手无策、束手无策时，杰弗瑞斯追着一个知道新密码的俄罗斯人。。神秘的EVA零号机驾驶员绫波丽，在与碇元度约定之时，来到了NERV底层中央教条的红色水池边。她的命运似乎就将在此结束。
在危急时刻，葛城美里不但要完成加持良治交待的对“第二次浩劫”真相以及“人类补完计划”的探查工作，还要保护碇真嗣与明日香，以及防备SEELE 对初号机与二号机的物理接触。
出于对碇元度的憎恨，赤木律子接受了SEELE引爆MAGI的提案，她能否成功？长期与SEELE共事的碇元度、冬月耕造、碇唯，为了防止人类“最终的悲剧”，而酝酿了的“人类补完计划”能否实现？尽在《新世纪福音战士》电影版第2部中解答。。