12 年前
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在上集幸存下来的人被神秘的先知Shot Bus Gus所救，他似乎拥有控制这些畜生的能力，在先知的带领下，幸存者进入下水道，那可通往城市，路上他们得到了空手道专家Jean-Claude Seagal的帮助，并得知这些畜生源自一个叫"The Hive."的地方，于是他们决定发起反击，永远消灭掉这些畜生。。蟹堡王毗邻本店的二号店即将开张了！海绵宝宝满心期待，以为分店经理一职非自己莫属，然而蟹老板却以他不够成熟为理由，将分店交给章鱼哥打理。同时看着蟹堡王做大的痞老板再出毒计，他偷走了海王星国王的王冠，并嫁祸蟹老板，盛怒的海王星要处死蟹老板，但为了拿回王冠，给忠诚的海绵宝宝和派大星六天时间，让他们去无人能够生还的贝壳城取回王冠。而痞老板得逞后偷走了蟹老板的蟹黄堡配方，生意迅速大热，他趁机把能够操纵思想的头盔赠送给顾客们，要通过控制海洋生物称霸世界。另一面，海绵宝宝和派大星踏上了无厘头又凶险万分的寻冠之路，前往传说中独眼巨人栖息的贝壳城……。
