4 年前
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——虽然很突然，但世界已经灭亡了。
1000年前一度毁灭的地球，由名为“Y”的传说中的时钟技师以时钟装置再构筑而成的世界。
吊车尾高中生·见浦直人，与“Y”所留下的自动人偶琉珠，以及天才时钟技师少女·玛丽相遇了。
当他们的能力相互咬合时，命运的齿轮开始转动。
不断重复破裂与延命，将即将崩坏的地球（“时钟机关之星”）修复的时钟朋克·幻想剧！。雷普莉是首次探险任务遇到异形后的唯一生还者，她一直冬眠直到被救援队救回地球。当她睁开眼睛后，才发现自己已经冬眠了57年！期间，人类已经移居到了异形所在的星球。雷普莉知道后，马上向当局报告该星球上异形的情况，但却被当局认为要么精神不正常，要么谎话连篇。雷普莉见当局对她的说话不予理睬，便决心不再涉足和异形有关的任何事。果不其然，在异形所在的星球上定居的人忽然和地球中断了联系。这时当局才注意到雷普莉之前汇报的情况，决定派出军队去营救。雷普莉被说服参与营救行动。又一场腥风血雨的战斗展开了！。
