14 年前
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柯南和小五郎等拉着大队，来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”度假。这座岛屿自古流传着关于沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开调查。
柯南认为猎人之死，跟宝藏传说有着很大的关系，他试图解开背后原因，“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“Jolly Roger”后，猎人却突然现身，并偷走了原来发现的宝藏！小兰和园子落在猎人的魔掌之中，性命危在旦夕！隐藏于传说中的讯息是什么？“海底宫殿”有什么秘密？穿越300年时光的暗号，柯南誓要逐步解开谜题。。落拓的周刊杂志记者榎木田辗转来到一间伫立在大山深处的咖啡店。据说许多到访过这里的客人都接二连三消失，嗅觉敏锐的榎木田认定咖啡店的背后藏有巨大的秘密，于是不远万里追踪而至。女主人真理子（关惠美饰）热情温柔，然而偶尔又会闪现出落寞阴郁的神情。榎木田假扮成客人，向店内的常客打听消息。常客中有体质变弱的健美选手松浦（角田信朗饰）、逃婚而来的飞鸟（市川由衣饰）、在头脑中规划着无差别杀人计划的卓（藤原薰饰）。随着调查的深入，榎木田发现真理子似乎四处延揽有自杀倾向的人。自杀者手持玫瑰作为接头暗号，经由女老板引领来到咖啡店的二楼。真理子会交给对方一个信封协助他们自杀，而交换条件却令人万万也想象不到……。改编自1997年的同名电影，这部动画主要讲述了关于一个由致力于为地球上的外星人提供星际移民服务的男人所组成的秘密政府组织的故事。。
