24 年前
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闹钟响起，阿飞（苏德伦饰）在梦中惊醒，可是接下来的事情似乎显得不可思议，阿飞本想好好享受一次突如其来的激情，可在无意中发现这个女孩小月（郑晓磊饰）已经死去多年，似乎还和自己有着千丝万缕的关系，就在这寻找真相的途中，阿飞又发现了一个惊天秘密，原来所有事情都由一起车祸引起，阿飞和小月本是一对令人羡慕的情侣，没想到二人在这次车祸中双双丧生，就在真相即将揭开的时候，闹钟又响起，是梦境还是现实，阿飞到底是人还是鬼……。花音恢复了人类的身姿后，迎来了第一次的生日——突然，事件发生了。假面骑士Dark Ghost率领3人的假面骑士Dark Necrom出现在小尊他们的面前。在战斗中，小尊、诚、亚伦，然后明里、御成、花音，被吸进七色的光芒的方向里去。他们到达的地方是历史上的伟人们的灵魂被实体化后，所生活在不可思议的村落。但是，假面骑士Dark Ghost是用这个村子的英雄们的灵魂，来收集100个眼魂完成“究极的眼魂”。如果“究极的眼魂”完成的话，所有世界的人都会变成鬼魂。假面骑士Dark Ghost的真实身份居然是亚伦已经去世的大哥·阿尔戈斯。另一方面，诚和长的间失踪的父亲·深海大悟再次相会了。亚伦对阿尔戈斯的计划提出异议。然后，阿尔戈斯俘虏了花音，来要挟诚的帮助自己，大悟不可理解的行动，使诚与之发生激烈的冲突，不久诚假面骑士Specter和大悟假面骑士Zero Specter父子对决！。杰森·伯恩事件引起连锁反应，踏脚石（Treadstone）计划以及CIA用药物控制强化特工的行径通过报纸公之于众，令其幕后人物坐立不安。为了阻止满盘皆输的局面出现，CIA高层决定中止该计划，并将相关特工人员以及科学家从行动中抹杀。在此后的日子里，那些深藏在国家政治最底层、依靠蓝绿药丸执行各种绝密任务的特工相继殒命，而负责染脏双手的执行人——前美国空军上校艾瑞克·贝尔，正慢慢将屠刀伸向隐藏在位于阿拉斯加崇山峻岭、暴雪深山中的特工艾伦·克劳斯。
突如其来的炮火袭击令艾伦意识到自己所处的危险境地，在之后的日子里，他不仅要在昔日同伴的追杀中求生，还必须设法找到那曾为他提供源源不断体能和智力的蓝绿药丸……。