23 年前
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被黑暗组织的人灌下毒药，身体变小了的高中生侦探工藤新一，化名为江户川柯南隐藏身份，并一直在暗地里调查黑暗组织的情报。知道他真正身份的有阿笠博士以及灰原哀。灰原哀实际上曾是黑暗组织的一员。但由于姐姐被杀，灰原哀想从组织脱离，也喝下毒药，以小学生的形象隐藏身份。
铃木集团的新饭店落成，受铃木集团大小姐铃木园子的邀请，柯南、小兰、阿笠博士，小哀等人都出席了宴会。宴会当中，吃了蛋糕的柯南和小哀发觉身体起了异常的变化。原来在蛋糕里，含有那种能让他们身体暂时恢复原样的酒精成分。柯南和小哀也因此变回了原本的样子……。某工厂发生火灾，库房里大量工业原料发生爆炸，产生的有毒气体随时威胁着救援人员的生命。某医科大学附属医院急诊部医生冉怀舟带着救护车严阵以待，随时准备抢救伤员。即将分配到急诊部的医生苏虹带着邻居独自在家的孩子到急诊部就诊，正好赶上忙乱的急救场面。消防队李参谋被送进抢救室，冉怀舟正准备实施手术，突然接到命令，三号高速路发生重大车祸，必须马上出急诊。苏虹参加了抢救伤员的行动。。
