12 年前
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将施奈德回老家之后，四只原本亲如兄弟的神龟由于没有了敌人，于是不再像以往一样一起战斗，而是各自在喜欢的领域内钻研，以往一起行动的忍者神龟们变成了四个独来独往的“独行侠”！
这时，纽约市中发生一连串的怪事。原来实业家马克西米林安•J•威特斯意图征服纽约市，秘密培养了一支远古怪兽组成的军队，加上恶名昭彰的忍者组织Foot Clan，各种黑暗势力又在城市的角落里蠢蠢欲动！
神龟们又处于备战状态了！他们再次联合起来，准备向黑暗势力出击！。孙力遭兄弟和女友背叛，背上亿万债务。濒死之际，灵魂穿越到“力王”身上。力王身陷黑狱，典狱长嗜杀成性，派遣“四大天王”杀死力王。力王与典狱长干女儿叶滢滢携手逃离黑狱，找曾经的兄弟、现在的财阀龙泽复仇……。在從洛杉磯飛往倫敦的三萬英呎高空中，機艙燈開始閃爍，燈號暫停的瞬間，機上一名乘客就會失蹤！當機上的乘客越來越少時，恐慌開始蔓延，軍人亞當該如何進行解救行動？！。