17 年前
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在一个名为瑞弗顿的小镇，曾出现过令人闻风丧胆的开膛手。他的真实身份是一个名叫亚伯尔·普林科夫（Raúl Esparza 饰）的普通男子，开膛手似乎是他一个隐藏的人格，又像是潜藏在他体内的罪恶的幽灵。某晚，亚伯尔失心发狂，杀害了待产的妻子。他则被赶来的警察射上，却在回警局的路上引发事故，从此下落不明。与此同时，小镇医院内降生了7名早产儿。
16年过去，当年的7名婴儿成为了好朋友。他们将生日定为开膛手日，每年的这一天都举行奇怪的庆祝仪式，期望借此远离开膛手的梦魇。但是这一年，开膛手亚伯似乎真地回到了瑞弗顿，并将目标锁定在这7个孩子身上……。市立见泷原中学，又迎来平静祥和的一天。就读于二年级的女孩鹿目圆（悠木碧 配音）和朋友美树沙耶加（喜多村英梨 配音）、志筑仁美（新谷良子 配音）尽情讨论恋爱的话题，享受少女的快乐青春。这时班上转来了名叫晓美焰（斋藤千和 配音）的新生，这个带着些许神秘气质的女孩让小圆颇感疑惑。与沙耶加下学回家路上，小圆听到呼救声，声音来自一只浑身伤痕累累的未知生物，而追杀它的正是晓美焰。危急时刻，她们得到同为见泷原中学学生的魔法少女巴麻美（水桥香织 配音）的帮助，进而得知那只名叫丘比的生物有能够帮助人变成魔法少女的能力。少女们无意间开启了通往另一个世界的大门……
本片为魔法少女的剧场版，分三部上映，由TV版12话重新编集而成。。