23 年前
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拉库雷斯来到研究王者之剑的地方，一个叫贝达利亚的研究员，表明她已经完成了王者之剑零式的研究。她希望拉库雷斯到时候能在她被处决后帮她善后。拉库雷斯向璃塔表明自己杀了贝达利亚，希望审判自己的罪行。然而审判中途，贝达利亚的尸体突然消失了。埋葬虫寄姆本想与拉库雷斯做研究成果与壁画之谜的交易，却被超王者零式击败。柯福奇继承了贝达利亚的研究，重投开始，拉库雷斯却在贝达利亚的骨灰当中发现了她最终的研究成果。。东西冷战了170年后的未来，世界被分为东部和西部二个对立面。经常互相对峙，处于极度的紧张状态。在那样的状况中，设立了秘密谍报组织“Zero zero机关”，组织以00号码称呼着间谍部队中的人工控制机械人。
主人公ミレーヌ·ホフマン 属于00号码间谍“9小组”的女性人工控制机械人。代号009-1的她美丽的身体中包藏着许多秘密兵器，并赌上性命进行着谍报活动。。