12 年前
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高坂贤吾（林遣都饰）是一个看上去非常阴沉的青年，因为患有非常严重的洁癖症，所以贤吾无法与其他人正常的交往，这让贤吾感到非常的痛苦。一天，一个神秘的男人找到了贤吾，交给了他一个特殊的委托，一位名叫佐薙圣（小松菜奈饰）的女高中生因为患有视线恐惧症而不愿意去学校，神秘男子希望贤吾能够帮助这位女孩。 刚开始，阿圣对于贤吾的关注反应非常的抗拒，对他恶语相向，态度十分糟糕，但很快，与阿圣有着相似经历的贤吾就明白了，这种攻击性，只不过是阿圣自我保护的一种方式而已，这种方式他自己也非常的熟悉。渐渐地，贤吾和阿圣之间的距离渐渐靠近。。1911年10月30日，蔡锷在云南发动重九起义，响应武昌起义，大清朝终于在众多有识之士的努力下，落下了帷幕。
重九起义两年之后，蔡锷被临时大总统袁世凯调到北京，多方势力角逐，危机始终围绕蔡锷。
蔡锷为麻痹袁世凯，将自己扮成风流军人，并且结识了京城名妓小凤仙，在确认袁世凯一心称帝的真面目后，蔡锷下定决心反袁。
在各方人士的协助下，蔡锷逃离北京，回到云南，发动了声讨袁世凯复辟的护国起义。。在未知生命体全部被消灭后的两年，人类迎来了短暂的和平。但海滩上突然出现的神秘欧帕兹，打破了这一和平。城市中再度出现了人类离奇死亡的案件，这次残杀人们的凶手是新的敌人——不明物体。它们拥有着人类无法匹敌的神秘力量，就连专门为之成立的G3小队也对它们毫无办法。
失去记忆的开朗少年津上翔一，暂住在美杉教授家中，与美杉教授的侄女风谷真鱼、儿子美杉太一一起生活。但隐藏在翔一天真笑容背后的，其实是神秘的英雄——假面骑士亚极陀。每当不明物体出现残杀人类时，他便会受到感应前去消灭它们。
愈发强大的不明物体、津上翔一过去的记忆以及从欧帕兹中诞生的神秘黑衣少年，它们之间有着什么样的联系呢？一切的真相又是什么？。
