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安蒂（查理兹·塞隆饰）与不死军团再度集结，展现前所未有的使命感，誓死保护全世界。布克（马提亚斯·修奈尔饰）背叛后流亡在外，而琼（吴青芸饰）逃离水牢后怀恨在心。安蒂发现自己失去了不死之身，除了努力面对事实之外，还要想尽办法抵抗神秘的势力，不让自己数千年来的努力付诸流水。安蒂、奈尔、乔、尼基和詹姆斯·科普利联手寻求老友杜亚的协助，盼他解开不死之身的谜团。。在充满音乐风情的城市－加音町成长的青梅竹马北条响和南野奏，虽然升上国中后的二人个性总是不合，但却因着相同的兴趣“音乐”而有了连结。某天响与奏正巧在旧歌剧院撞见时，音乐王国“大调岛”的精灵－哈咪出现了，为了不让“小调岛”的敌人继续将传说的乐谱中“幸福的旋律”变成“不幸的旋律”音符，所以找寻能够以“高音谱记号”变身为光之美少女的响与奏。以二人合而为一的正义之心，一齐找寻飞散到人间的旋律音符，和小调岛的敌人来场音符抢夺战！。