17 年前
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拥有幸福美满生活的大兵福德·布罗迪，内心隐藏着一个挥之不去的阴影。15年前，他和父亲乔伊、母亲桑德拉生活在日本。父母供职于一座大型核电站。就在福德的爸爸生日当天，一场突如其来的灾难摧毁了核电站，他的母亲在灾难中丧生，语焉不详的政府隐瞒真相，以防止核辐射的名义封锁了该地区。但是乔伊却从种种异状觉察到反常之处，十五年来他一直试图揭开当天的灾难之谜，终于发现这一切都是由一只如山一般巨大的怪兽所引起。
怪兽哥斯拉从沉睡中苏醒，令人难以预测的灾难席卷而来……。超级盗贼集团The Works的老大托马斯•道森（尼克•泰特 Nick Tate 饰）即将归隐，在选拔继承人的晚宴上，突然一伙不明身份的暴徒闯了进来大开杀戒。托马斯被一向与鲁邦（小栗旬 饰）势同水火的迈克•李（言承旭 饰）劫持，之后更被其同伙杀害。一年后，鲁邦三世遭到峰不二子（黑木明纱 饰）的暗算被钱形警部（浅野忠信 饰）抓获。钱形向其透露了迈克的下落，以及迈克手中的光之项链和黑社会帝王普拉穆克（Nirut Sirichanya 饰）手中的深红宝石的交易信息。巧妙逃脱的鲁邦集结了不二子、次元大介（玉山铁二 饰）、石川五卫门（绫野刚 饰）、皮埃尔（金俊 饰）等人，准备将埃及艳后的绯红之心双双盗取。
一场激烈的盗贼攻防战拉开帷幕……。