21 年前
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前作『銀河旋風ブライガー』のラストで語られたカーメン・カーメンによる大アトゥーム計画（木星爆破による新惑星の大量創造）から600年、時代は28世紀を迎えていた。人類は地球軌道上に35の植民惑星を築いて移り住み、星々は太陽系管理機構ドメスチック・バクーフ（モデルは幕府）によって統治されていた。 しかし、メリーカ（モデルはアメリカ）・エンゲーレス（モデルはイギリス）・ランス（モデルはフランス）等の外宇宙艦隊（異星人）との接触をきっかけにバクーフ統治体制の弱体化が露見、ロングー（モデルは長州藩）・ゴワハンド（モデルは薩摩藩）・トルサ（モデルは土佐藩）等の反体制派の惑星が台頭するなど、太陽系は混迷を極めていた。 そんなある日、伝説のJ9に憧れるドン・コンドールらは、太陽系で一旗上げるべく仲間達と共に「銀河烈風隊」を結成する。銀河烈風隊は、バクーフのリーダーで...。ガミラスの侵略を退けてから1年後の西暦2201年、白色彗星帝国が宇宙の各惑星にその侵略の手を伸ばしていた。 地球は復興をほぼ終え、都市は活気づき平和に満ちていた。古代進も護衛艦艦長として輸送補給船団に同行していたが、偶然、発信源不明のメッセージを受信する。そのメッセージは、救いを求めるような女性の声であった。かつてのヤマト乗組員たちは、危機の正体を突き止めるためにヤマトを発進させる。 テレザート星に到着した古代たちは、メッセージの発信者であったテレサを救出する。テレサは、白色彗星帝国が宇宙の星々を次々と侵略しており、次に狙っているのが地球であることを告げる。 白色彗星帝国は地球に迫り、最新鋭戦艦アンドロメダを旗艦とした地球艦隊を全滅させる。ヤマトは白色彗星の渦の中心核に波動砲を打ち込む。彗星は火の玉となって炎上するが、その中から巨大な要塞、都市帝国が...。