8 年前
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小学时期，游泳部的四名成员在毕业前的游泳比赛中夺冠，之后他们毕业的毕业，出国的出国，四人分道扬镳。时过境迁，就读岩鸢高中的七濑遥（岛崎信长 配音）和好朋友橘真琴（铃木达央 配音）升上高二，他们与昔日的游泳部成员之一叶月渚（代永翼 配音）重逢。三人回忆起小学时光，约定到曾经的游泳馆去。在废弃的游泳馆里，他们居然遇到了归国的松冈凛（宫野真守 配音）。意料之外的是，昔日战友凛性情大变，还对遥发起挑战，结果遥输给了他。
遥、真琴和渚决定成立游泳部，经过多番努力后，终于招募到了新成员龙崎怜（平川大辅 配音），他们以县大赛冠军为目标，进行紧张的集训。另一方面，凛所在的鲛柄学院游泳部也在为大赛作准备。他们约定，要在赛场上决一高下。充满激情和活力的游泳部，在这个夏天，开始了关于友情与青春的Free!故事。。风雨交加的夜晚，一场盛大的婚礼正在某豪华星级酒店举行时，突发骇人听闻惨案，伴娘子清（李心洁）成为唯一目击证人。在警署，子清一口咬定疑凶是闭路电视上的神秘人孙玲（林嘉欣）。得知孙玲与自己的男友有着不同寻常的隐情后，因肾脏有问题一直觉得亏欠男友的子清几乎崩溃。
子清受到凶徒袭击，幸得孙玲及时出手救援才捡回一命。与孙玲相处时，子清渐生宽恕和感激之心。就在两人的友谊日渐成熟之时，一直逍遥在外的真凶开始向她们逼近。。