23 年前
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在一间丛林实验室，X基因集团准备治疗皮特身上的变异病症，结果遭遇变异怪兽的袭击，实验室的所有人不幸遇难。皮特趁乱逃离，但救命血清遗落在了实验室。
郭远超和曹心怡正筹备结婚，在获知队友皮特遭遇后，果断决定放弃婚礼，跟随X集团的周教授一同冒险进入丛林寻找血清。丛林内，他们不断遭到奇异植物和变种怪兽的猎杀，队伍成员接连遇害。经过一番惊险搏杀，郭远超率队击退了怪兽，找到了血清，同时，揭露了一场危险的基因改造计划。
基因改造计划危害重重，郭远超与X集团的玛莎展开了决斗，并最终炸毁了诱发基因实验的陨石磁场。。21世纪末，人类的科技水平已高度发达，克隆人技术和宇宙航行早已实现，不再是梦想。与此同时，许多科学家仍孜孜不倦追索着人类起源的秘密与真相。通过对许多古老文明的考察与对比，科学家伊丽莎白·肖和查理·赫洛维发现，人类可能是来自一个遥远星系的外星人创造的。在Weyland公司资助下，他们乘坐维克丝所掌管的宇宙飞船普罗米修斯号前往那颗未知的星球。
经过对当地的考察，地球人的设想成功得到印证。可是他们贸然探查“神的秘密”的行为，也将自己引入万劫不复的深渊……。
