10 月前
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2000年，一个科学探险队在南极洲针对被称作“第一使徒”亚当的“光之巨人”进行探险。在对其进行接触实验时，“光之巨人”自毁，从而发生了“第二次冲击”，进而导致世界大战。最后，人类人口减半，地轴偏转、气候改变。根据对“第二次冲击”的调查，联合国在日本箱根成立人工进化研究所（即GEHIRN）从事EVA（指机器人）的发展研究，后GEHIRN利用在人工进化研究所下方发现的巨大空洞建造了总部。
另一方面，联合国下属秘密组织SEELE为了使人类进化，开始实行人类补完计划，就是将所有人的灵魂汇集在一起，通过中和每个人的AT力场，使每个人回归LCL之海。
2004年，EVA初号机进行启动试验时发生事故，碇真嗣的母亲碇唯消失，碇源堂开始执行“碇源堂版本的人类补完计划”。2010年，GEHIRN被改建成NERV。
2015年开始，根据SEELE人类补完计划剧本的安排，一种不明巨型生物“使徒” 开始在日本登陆，并向NERV总部进攻，NERV组织EVA消灭使徒。在NERV与使徒作战的同时，碇源堂秘密地执行它自己的计划。随着时间推移，碇源堂 的计划逐渐被SEELE发现，NERV与SEELE产生了矛盾并不断恶化。这一矛盾在电视版中没有得到解决。在剧场版中，NERV于SEELE的矛盾激 化，SEELE派出军队进攻NERV，在占领了NERV后发动了第三次冲击。全人类全部化为LCL之海，只有碇真嗣和明日香留了下来。。凯西（科洛·格蕾斯·莫瑞兹饰）在第三波攻击中失去了母亲，她的父亲（朗·里维斯顿饰）带着她和弟弟山姆（Zackary Arthur饰）逃到了难民营避难。当军队的人进驻难民营时，他们马上就以为自己已经得救了。沃斯上校（列维·施瑞博尔饰）声称他们是来帮助难民的，军队要带走所有孩子以便优先保护他们，然后再回来解救成年人。凯西的父亲虽不情愿，但还是同意了让两个孩子跟着沃斯的部队离开。因为山姆忘了拿心爱的泰迪熊，凯西回到难民营去寻找它，结果在她赶回之前，公交车就载着其他孩子离开了，姐弟俩就这么被迫分开了。回到难民营后，凯西和其他难民很快发现外星人可以寄居在人类体内，所以任何人都不能信任。但是士兵们和其他幸存者为接下来怎么做发生了激烈的争执，导致军队竟杀光了所有难民。凯西成功逃脱出来，并誓言要救回山姆 。。