12 年前
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2022年——乃是忍者活跃期间的年代。所谓的忍术，对于该年代的人们来说，那已经是个日常，但也是个充满了新的运动竞赛方式。平常只是作为月薪制的工薪族生活，总是展现出被妹妹称为 “废物的是只擅长忍术吧” 的让人吃惊程度地狼狈不堪的样子的青年：神藏莲太郎，他的另一个身份是与暗之忍者军团·虹蛇相战斗的传说的忍者·假面骑士Shinobi。这是一个暗中保护他人，斩除堕落者的年轻忍者故事。座右铭为——“忍字意为斩刃之心！”。剑悟变成特利迦奥特曼，为了守护大家的笑容，在永恒核心里消失了。时间推进到特利迦消失的两年后，时冈代理队长率领精英胜利队想方设法复活在永恒核心中消失的真中剑悟。在众人的不懈努力下，终于复活了剑悟。
剑悟复活后取回了特利迦的力量，结果在面对新的怪兽时，陷入了苦战。就在特利迦难以招架的时候，泽塔奥特曼跨越宇宙次元，再次来到地球前来帮助特利迦。没想到随着事情的发展，遥辉发现了事情的背后居然浮现出了宿敌赛雷布洛的影子。于是，遥辉开始追查赛雷布洛的踪迹。
三千万年前超古代人的残党，他与赛雷布洛联手，试图获取剑悟的光之力量。他可以变身成邪恶特利迦，实力非常强大。特利迦根本招架不住邪恶特利迦，不光泽塔前来帮助特利迦，就连伊格尼斯也变成黑暗特利迦前来协助特利迦。
三位战士将联手粉碎超古代人残党与赛雷布洛的阴谋。。
