17 年前
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甄善美（蔡琳 饰）是一个善良的女孩子，自小失去了母亲，在父亲的百般呵护下成长。善美也一直喜欢邻居的儿子佑振（韩宰硕 饰）。一天，父亲建筑公司里的一名工人在工地发生意外死亡，工人之女迎美（金素妍 饰）带了回家。
从小便缺乏家庭温暖的迎美十分妒忌善美能受到许多人的宠爱，于是她想尽了办法要跟善美争宠，更要抢走善美心爱的佑振哥。迎美在众人面前都是楚楚可怜的样子，致使佑振深深爱上了迎美。善美知道已无法挽回，带着受伤的心到美国留学，更认识了同是韩国人的尹享哲（张东健 饰），享哲被善美纯真的性格吸引住了。
回国后善美参加了电视主持人的甄选，更与迎美双双入选。迎美仍然嫉妒善美，处处跟善美作对，陷害善美。原来尹享哲是该电视台的理事，身为女友的善美却不知道享哲的真实身份。当迎美知道了事实后，便企图抛弃佑振，并不断向享哲示好。
深受伤害的佑振为了救回迎美而被卡车撞死，此时迎美才发现自己原来已经深深爱上了佑振，她开始反省自己所做的一切……。《善岩女高侦探团》讲述了充满才气的5名女高中生组成“善岩女高Mystery侦探团 ”，揭露学习周边的未解决事件的校园推理剧。。
