19 年前
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草薙素子之后，巴特与侦探出身的陀古萨结为搭档。近期发生多起机器人偶杀害主人继而自杀的事件，由于受害者家属均无公诉，且死者中有政客与公安官员，于是公安9课派出巴特小组调查此案。杀人人偶皆为荒凉地带公司出品的哈德莉机型，应部分顾客要求，该机型同时具备异性玩伴的功能，巴特从荒凉地带公司出货官遇害入手，卷入与黑帮的战斗，期间有人入侵他的大脑，使其自残。
巴特决定直奔荒凉地带总部，他与陀古萨拜访了择捉岛上的黑客基姆，后者布下系统陷阱，幸有素子提出警告避免陀古萨陷入控制。依靠基姆这条线索，巴特登上了荒凉地带公司设立在海上的工厂船，素子再次降临他的身边，与其并肩作战。。一名女大学生突然被杀害，四个与她相关的男人纷纷被怀疑，分别是单恋女学生的警察正勋、曾借钱给死者的高利贷业主明录、死者前男友贤秀以及与死者有婚外情的教授秀泽。当这些人争先恐后为自己辩解的同时，一名女子的身影逐渐变得清晰，她就是秀泽的妻子善华。。曾编写「圈套」的编剧莳田光治重新以《Puzzle》出击。
近松大学附属的重点高中辩秀高等学校里三个死党今村真一（山本裕典 饰）、神崎明（木村了 饰）和冢本善雄（永山绚斗 饰）在学校门口遇到一个恬静柔弱的女生问去往校长室的路，并让这三个男生在校门外等她。今村三人苦等一晚才发现被骗了。次日上学欢迎新来的英语老师鲇川美沙子（石原里美 饰）大吃一惊，她正是昨日那个女子！
鲇川是个30岁但外表仍然如小女孩般活泼清新、教英语但英语很烂、贪婪钱财又本性善良的老师，今村三人总是被隔壁女校三个如花似玉的女生拜托去参加各种各样的寻宝活动，这些行动又总被鲇川听到，于是每逢周末，几乎已成习惯，他们总一起出外寻宝，关键时刻鲇川总会爆发天才般的推理破解能力，然而，每次寻宝都随着真相的解开而落空。到最后他们真能找到宝藏吗？。
