15 年前
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征战PTU一年后，李柏翘（陈键锋 饰）加入冲锋队，而钟立文（吴卓羲 饰）加入特别职务队。两人的行事风格迥异，柏翘接连高升，而立文则总为冲动埋单。台湾坐牢十年的江世孝（苗侨伟 饰）出狱，被进兴老大杜亦天接回香港，准备委以重任。但遭到Laughing哥（谢天华 饰）的不满，处处挑衅。期间，立文为了破获制毒工场，邂逅了盗版妹江悠悠（江若琳 饰），而后者刚好是江世孝失散多年的女儿。在大嫂程若芯（周海媚 饰）的撮合下，父女终于相认。而江世孝也投桃报李为程若芯找到了母亲花姐。花姐之女花若葆在Car1受到李Sir不留情面的责骂。幸好有柏翘劝慰才得以化解，两人暗生情愫。与此同时，立文与悠悠也是假戏真做，一个扮演小公主，一个扮幸运王子。正在此时，立文奉命作进兴卧底，投靠Laughing，后者游走在江世孝与程若芯之间，亦正亦邪……。阿历克斯（Inés Efron 饰）生来就是个雌雄同体的异类，他同时拥有男性和女性的性征，不过一直被父母当成女孩来抚养，他和父母一起住在一个远离城市的海边小镇。随着阿历克斯的渐渐长大，母亲想让他切除掉阴茎，成为一个完完全全的女孩。于是，她没有和丈夫商量，就请来了外科医生一家到家里做客，希望说服阿历克斯接受手术。外科医生的小儿子阿尔瓦罗（Martín Piroyansky 饰）是一个同性恋，他和阿历克斯首次见面时，阿历克斯就邀请他和自己做爱。阿尔瓦罗开始时虽然拒绝了，但随后还是跟着阿历克斯跑进了海边的小木屋，随后，阿尔瓦罗发现了阿历克斯的秘密……。在新生ALO中，桐人、亚丝娜和结衣谈到了鲸鱼，从没有见过鲸鱼的结衣对鲸鱼非常感兴趣，为了帮助结衣桐人想到了新生ALO中海边的任务。不料直叶却不会游泳，为了能正常进行海边的任务大家决定对直叶进行游泳特训。与此同时，桐人被菊冈诚二郎以“心理咨询”的名义骗至心理咨询室，并从桐人处详细调查了“SAO”和“ALO”等事件。桐人离开菊冈诚二郎处后登入新生ALO与大家一起进行了“深海掠夺者”的任务，最终返回时结衣如愿以偿地见到了鲸鱼。后桐人再次接到了菊冈诚二郎的电话。（打算委托桐人调查“GGO”，此时剧情进入“幽灵子弹篇”）。
